1. Vermoord in opdracht van het Kremlin
Wanneer het Kremlin achter de dood van de kritische journaliste Anna Politkovskaya zit, dan is de dood van Litvinenko naar alle waarschijnlijkheid ook op rekening van de machthebbers in Moskou te schrijven. Ondanks het feit dat zowel Politkovskaya als Litvinenko nauwelijks een bedreiging vormden voor de heersers in het Kremlin werden zij toch als gevaarlijk gezien, aangezien zij in het buitenland op toenemende steun konden rekenen in hun kritiek op het autoritaire bewind van Poetin c.s. Het is bekend dat Poetin niet tegen kritiek kan.
Vraag is echter waarom in het geval van Litvinenko niet meteen een aanslag werd gepleegd op de spin in het web: Boris Berezovsky. Daarmee zou de oppositionele diaspora in Londen pas een zware slag worden toegebracht. Met de dood van Litvinenko beschikken zij over een martelaar. Waarom zou een Russisch doodseskader het wagen om een aanslag op Litvinenko, sinds kort Brits onderdaan, te plegen op Brits grondgebied en daarmee voor het Kremlin een enorm internationaal schandaal veroorzaken? Dat lijkt een te zwaar middel voor een relatief kleine vis als Litvinenko. Anderzijds kan de operatie op een zodanige wijze zijn uitgevoerd dat daders en opdrachtgevers niet te traceren zijn. De geschiedenis van geheime operaties kent talloze voorbeelden van onopgehelderde (politieke) aanslagen.

2. Vermoord in opdracht van de Tsjetsjeense leider Ramzan Kadyrov
Een mogelijke oorzaak voor de dood van Litvinenko ligt in het gegeven dat hij bezig was met een onderzoek naar de moord op Politkovskaya. Er zijn aanwijzingen en vermoedens dat Politkovskaya informatie had verzameld over martel- en moordpraktijken van Ramzan Kadyrov en zijn privémilitie in Tsjetsjenië, waar jonge mannen die een bedreiging zouden kunnen vormen voor de positie van Kadyrov 'verdwijnen'.
Hoewel Alu Alichanov officieel gekozen werd tot Tsjetsjeens president ligt de werkelijke macht in de republiek in handen van Ramzan Kadyrov, zoon van de op 9 mei 2004 bij een aanslag omgekomen vorige president van Tsjetsjenië Achmad-hadji Kadyrov. Er zijn overtuigende bewijzen, afkomstig van mensenrechtenorganisaties, dat Ramzan als leider van de 'presidentiële garde' van zijn vader zich schuldig heeft gemaakt aan martelingen en moord op Tsjetsjeense burgers. Zijn 'garde' is in feite een illegale paramilitaire organisatie die buiten de wet opereert en als 'criminele organisatie' kan worden aangeduid. Politkovskaya zou over materiaal beschikken waaruit blijkt dat deze activiteiten van Kadyrov tot de dag van vandaag doorgaan. Om te voorkomen dat het materiaal zou kunnen worden afgerond en gepubliceerd moest Politkovskaya uit de weg worden geruimd en zou Litvinenko, met een onderzoek naar deze moord, ook gevaarlijk kunnen worden voor de positie van Kadyrov.

3. Vermoord in opdracht van extreemnationalistische groeperingen
Op websites van extreemnationalistische groeperingen in Rusland circuleren al langere tijd zogenaamde 'dodenlijsten' van Russische oppositionelen. Op een zo'n lijst met 63 namen kwam Anna Politkovskaya voor. Na haar dood meldde de website 'en nu nog 62'. Achtergrond van de 'dodenlijsten' is dat extreemnationalistische groeperingen een 'Groot-Rusland' nastreven dat een onaantastbare positie krijgt in de internationale verhoudingen. Eenieder die (openlijk) kritiek levert op Rusland, en zeker wanneer die kritiek het buitenland bereikt, kan erop rekenen een vijand van de extreemnationalistische organisaties te worden en aldus op een dodenlijst terecht te komen omdat in de ogen van de extreemnationalisten er sprake is van 'landverraad'. Wat de technologie betreft die bijvoorbeeld is toegepast bij de dood van Litvinenko (de vermoedelijke dood door polonium-210) kan gezegd worden dat er binnen de extreemnationalistische groeperingen in Rusland nogal wat (ex-)KGBers, vroegere leden van speciale eenheden uit het leger en andere experts actief zijn die over de nodige kennis en contacten beschikken om dergelijke operaties, zowel de 'platte' moord op Politkovskaya, neergeschoten in de lift van haar Moskouse woning, als de meer gecompliceerde aanslag op Litvinenko in Londen, met succes uit te kunnen voeren.

4. Vermoord in opdracht van de Londense diaspora
Dit scenario komt uit de koker van het Kremlin zelf in een reactie op de dood van Litvinenko. "De verontrustende samenhang van de dood van bekende mensen en belangrijke gebeurtenissen waar Vladimir Poetin bij betrokken is lijkt op een vooropgezet plan met het doel om Rusland in diskrediet te brengen," zei presidentieel woordvoerder Sergej Yastrzjembsky op vrijdag 24 november 2006 voor de Russische televisie. "Het buitensporig aantal gevallen van het samenvallen van de dood van mensen die zichzelf tot de oppositie van de Russische autoriteiten rekenen en belangrijke internationale gebeurtenissen waar Vladimir Poetin bij betrokken is zijn een bron van zorg," zo vervolgde hij. "Ik ben te nuchter om te geloven in een samenzweringstheorie, maar, in dit geval denk ik dat we getuige zijn van een goed gerepeteerd plan van het voortdurend in diskrediet brengen van de Russische Federatie en haar leider. In dit soort gevallen moet de beroemde 'qui bono' (in wiens voordeel) vraag worden gesteld. De pers moet dat zeker niet negeren," voegde hij eraan toe.
Anna Politkovskaja werd gedood vlak voor de Petersburg Dialoog in Dresden die werd bijgewoond door Poetin. En Litvinenko stierf aan de vooravond van de Rusland-EU top in Helsinki.
De woorden van Yastrzjembsky hebben vrijwel zeker betrekking op de 'Londense diaspora' (zie boven) die wellicht bereid zou zijn om offers te brengen als die maar ertoe leiden dat de Russische Federatie en haar leiding, met name Poetin, in diskrediet worden gebracht.